初中2年生早瀨真理，是個無論做什麽事都非常努力的活潑女孩。她總是很珍惜從3年前失蹤的世界級科學家父親·永司那裏得到的掛墜——渾儀羅盤。某次，真理在好朋友水城和花的哥哥·旬的房間，發現了曾在永司的研究室見到的書（《磁石與電的發明發現物語》）。
真理被打開的書裏溢出的波紋包圍，並穿越了時空。在渾儀羅盤所指示的時間跳躍前方，真理與各種各樣的科學家相遇，與和花、旬壹起追逐著行蹤不明的永司的足跡。在那裏，同樣追逐著永司去向的實業家·禦影丞的動向帶來了暗影。以現代圍繞著永司失蹤的故事為縱軸，以過去真理等人與科學家所展開的發明發現相關聯的故事為橫軸展開
