被無法與人類溝通的異生物·奇居子破壞的太陽系，只剩下壹小部分的人類尚存活。他們為了生存制作了如同小行星般巨大的宇宙播種船希德尼婭，並在宇宙中進行旅行。
經過了1000年後，時值希德尼婭出航紀元1009年，由地下層部培育的少年谷風長道自祖父死後而來到上層市區。並入學巨大人型兵器「衛人」的操控師訓練學校，這也是谷風長道首次與外界人接觸。
令谷風長道首次抱有異性意識的女性是——星白閑。
谷風長道首次的友人是無性別的科戸瀨伊佐奈。
令谷風長道意識到挫折的少年是——岐神海苔夫。
在和各式各樣的訓練師壹同度過校園生活的谷風長道，獲得了首次的任務。雖然不是非常艱難的任務，但在谷風長道和隊友們面前，突然出現了奇居子！遭遇沈寂了100年後的突襲，作為人類的谷風長道將如何抉擇？
關乎人類存亡的戰鬥現在開始了！……
