踏上新冒險之旅的小智與皮卡丘,還有小光、小剛,路途上遇見了楚楚可憐的女性“艾莉絲”,並一同前往象徵“時空之塔”的白楊鎮。在那裏將舉辦神奇寶貝華麗大賽。最近在白楊鎮出現了一個來歷不明的神奇寶貝,他會讓人們與神奇寶貝們昏厥並產生惡夢。在鎮裏的名士“亞伯特男爵”,為了捕捉而組成了討伐部隊。終於,迫使它出現了,也是人稱之為夢幻的神奇寶貝“達克萊伊”。
同時在另一方面,艾莉絲的青梅竹馬“東尼歐”,身為科學家的他察覺到空間異常的現象。在白楊鎮的上空居然發生了“時空的夾縫”,被稱為神的兩隻神奇寶貝“帝牙盧卡”與“帕路奇牙”這時雙雙出現了!絕對不能碰面的兩隻神奇寶貝,與達克萊伊相遇之時,就連時空都為之撼動,史上最大的戰鬥將就此拉開序幕!
