明末崇禎六年，國勢積弱多年，天災頻繁，流寇四起，崇禎帝雖欲勵精圖治，但因飽受沉重壓力，並生性猜疑，用人不當，國勢日益衰弱。猶幸身邊有一位母儀天下的周皇后相扶。長平公主乃是崇禎與周後所生之愛女，十年來過著溫室般的無憂生活。 吏部尚書周興之子周世顯那不拘一格、風趣俏皮的舉動，跟皇宮裏事事講求禮節的嚴格要求截然不同，使世顯深受皇子公主歡迎。生性自私的昭仁公主尤其更甚。但世顯卻被不單外表俏麗，並且內心善良的長平所吸引。長平與世顯青梅竹馬，兩小無猜。
世顯多方討好長平，更替長平頂罪受罰，長平被他的真誠所動。二人常在宮中結伴遊玩，一起種下連理樹，漸漸產生微妙的感情。在連理樹下，兩人有過永世不能忘懷的浪漫一刻。
一天，宮中起了巨變，長平、世顯聽聞陳妃被賜死。接下來，周後亦被誣告毒殺田貴妃初生皇子。其實，一切都是由田妃策劃。周後被罰與長平、昭仁出宮。母女三人改名流落民間。世顯自此失去長平消息。時世顯已經家道中落，周興及母親周梁氏深知為官之禍，一直不讓世顯入仕途。世顯進了鑄炮坊擔任主簿之職。長平與世顯重遇，兩人生出了愛意，但世顯與李建泰千金李玉嫻早訂婚盟，聖卿更是世顯多年的深交，使他們陷入這無奈的四角關係。及後，皇太后查知當年田妃初生皇子夭折真相，派人到民間重召周後三母女回宮。長平、世顯二人再度分離。
周後三母女回宮後，長平初受崇禎的貼身太監王承恩所針對，但承恩最終亦被長平的真誠感動。昭仁因見田妃在宮中勢大，竟認賊作母。時崇禎賞識世顯才華，召入宮任教。長平、世顯宮中再度相逢，情愫漸濃。可是，此時師生有別，兩人只好發展地下情，暗地裏互送情書。這時，崇禎要把長平許配予手握重兵的湯寶倫。長平極力反對，世顯心感失落，但長平對世顯表白，心裏只有他一人，使世顯對長平的愛更堅定。長平感動了太后，肯讓長平鳳台選婿。這樣做是為世顯製造機會。正當長平、世顯以為障礙已破之際，奸臣又薦世顯送糧餉上戰場。田妃欲把世顯置之死地，向崇禎提議要世顯追擊敵軍。世顯心知今回必死無疑，決定與長平解除婚約，但長平不肯放棄，派人三度送上婚書，終感動世顯。長平到戰地找不到世顯，只拾得那件被炮火燒爛了的駙馬袍。長平以為世顯已死，哭得傷心欲絕。長平回宮之時巧遇世顯，二人恍如隔世。但是，世顯自覺已如同廢人，難以配長平，刻意避見長平，使她心傷不已。
李自成攻陷京城，圓圓被自成所占，三桂“沖冠一怒為紅顏”引清兵入關。李自成當不到一個月皇帝，棄城逃亡。順治入京稱帝，是為清。在揚州的維摩庵，世顯終遇見長平，雖然長平堅決不肯相認，最後卻被世顯真情所感動，二人曆劫相逢，更珍惜對方。清朝廷為撫民心，賜長平、世顯結合。長平、世顯想到“葬先帝，釋太子”之責任，答應完婚。長平、世顯被送返北京，順治為了表示自己對降臣寬厚，以達懷柔之效，為他們安排一個隆重的婚禮。長平、世顯在花燭之夜，夫婦雙雙在含樟樹下，仰藥殉國。順治並不發喪，命人將世顯和長平的棺木沉入江底，好讓這對曆劫鴛鴦長享安息。
